Иваненко возглавил республиканский КГБ сразу после его создания в мае 1991 года. При нём комитет был распущен, вместо него было создано Агентство федеральной безопасности.

В Советском Союзе у России, в отличие от других республик, не было своего Комитета государственной безопасности. Организация была создана после принятия республикой декларации о суверенитете в 1990 году. Таким образом, Иваненко стал первым руководителем независимых российских спецслужб постсоветского периода. Его кандидатура была одобрена будущим президентом Борисом Ельциным.

Во время августовского путча 1991 г. Иваненко принял деятельное участие в подавлении путча и лично участвовал в аресте своего бывшего руководителя, председателя советского КГБ Владимира Крючкова. Однако утверждал, что убедил Ельцина защитить здание КГБ на Лубянке от штурма продемократическими демонстрантами. После этого он в ранге министра руководил созданным на основе советского КГБ Агентством федеральной безопасности, став его первым директором.

На этой должности Иваненко обещал прекратить политический сыск и сфокусироваться на борьбе с организованной преступностью. «Русская мафия беспокоит не только Запад, но и меня самого,» — заявил он на своей первой пресс-конференции. Он пообещал наладить сотрудничество с западными спецслужбами и демократизировать ведомство. Однако выступал против его ликвидации, объединения с МВД и люстрации сотрудников.

В январе 1992 года в возрасте 44 лет уволен из органов госбезопасности «по сокращению штатов» после того, как на заседании Конституционного суда РСФСР выступил против объединения АФБ и МВД в «суперведомство» (суд отменил указ президента Ельцина о создании МБВД).

После увольнения, в 1993-1998 годах, — вице-президент, первый вице-президент, заместитель председателя правления нефтяной компании «ЮКОС». В 1998-1999 годах — советник министра по налогам и сборам. В 2000-2004-х — вице-президент Фонда развития парламентаризма в России. С 2004-го — пенсионер, генерал-майор госбезопасности в отставке, член Совета по внешней и оборонной политике, член Московского Английского клуба.

Виктор Иваненко принимал самое активное участие в деятельности Совета, оказывая, помимо прочего, финансовую поддержку его деятельности на протяжении многих лет.

Память о Викторе Валентиновиче Иваненко, патриоте, гражданине, добром друге и товарище останется с нами.